Dans certaines régions de l'Amérique centrale et en Inde, on utilise le système de culture le plus ancien et traditionnel : les Coffea poussent avec d'autres plantes plus hautes qui les protègent des rayons du soleil. Au Brésil, en revanche, les producteurs recourent à une méthode intensive : de vastes plantations constituées uniquement de caféiers. L'irrigation est artificielle et la récolte, mécanisée. Cela implique des investissements importants, une productivité élevée et un impact significatif sur l'environnement.
La floraison étant déterminée par la pluie, une même plante porte simultanément des fleurs et des fruits, ce qui complique la récolte. Lorsque les cerises arrivées à maturité sont récoltées à la main une par une, on parle de « picking » : cette méthode s'avère coûteuse mais garantit une qualité optimale du café vert. Le « stripping », en revanche, consiste à arracher tous les fruits présents sur la branche, quel que soit leur degré de maturation. La cueillette est ensuite triée. Il en est de même lorsque l'on secoue les plantes mécaniquement. Ces deux méthodes ne sont pas un gage d'efficacité.
Une fois récoltés, les fruits sont séparés des corps étrangers, cailloux, brindilles et feuilles.
Les grains peuvent être extraits de deux façons différentes : par voie humide (café lavé) ou par voie sèche (café naturel).
Quelle que soit la méthode utilisée, les grains ainsi obtenus sont des grains de café vert qui seront ensuite triés en fonction de leur forme et de leur calibre. A quelques exceptions près, le prix du café est proportionnel à la taille des grains.
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